Ziel der Gründung des BVF ist die Absicht eine übergreifende, verbandsneutrale Vertretung der Fachinteressen aller Fledermausschützer in Deutschland zu schaffen, um gemeinsame Ziele und Interessen zukünftig einheitlich und auf Bundesebene aber auch international vertreten zu können. Es soll auch der Austausch und die Zusammenarbeit verschiedener mit Fledermäusen befasster Vereine und Gruppen ausgebaut werden.
Der Bundesverband soll hier als Ansprechpartner akzeptiert und gehört werden und ist deshalb auf möglichst viele Mitglieder aus allen deutschen sich mit Fledermäusen befassenden Vereinen und Gruppen angewiesen. Somit wird seine Stellung untermauert, die gemeinsamen Ziele im Schutz, der Erforschung und der Öffentlichkeitsarbeit für die einheimischen Fledermäuse für diese große Gemeinschaft zu repräsentieren.